あの戦いから3ヶ月後の3月31日―――
学生寮、閉鎖。


順平たち特別課外活動部<S.E.E.S.>のメンバーが集まり、
思い出深い寮の最後の日を過ごしていた。
そこに現れた、巨大な扉。から襲撃してきた“機械の乙女”。
アイギスが得た新しい力で撃退できたのだが、
彼らは知ってしまう。
『同じ3月31日に囚われている』という事実に……。